Το 1837 ιδρύεται το πανεπιστήμιο που δίνει τις πρώτες πληροφορίες για τις αντιλήψεις της εποχής. Ο δεύτερος από τους ρήτορες στη τελετή των εγκαινίων (ο πρώτος ήταν ο Νεόφυτος Βάμβας), ο μητροπολίτης Αθηνών Μιχαήλ Αποστολίδης υποστηρίζει ότι οι Τούρκοι εμπόδιζαν την εκπαίδευση των κατακτημένων Ελλήνων. [17]

Η εκκλησία εκτός των άλλων υποστηρίζει την ύπαρξη του κρυφού σχολειού για να υπογραμμίζει το ρόλο της ορθοδοξίας στη δημιουργία της ελληνικής εθνικής ταυτότητας (τον οποίο  ρόλο ο διαφωτισμός τον υποβάθμιζε) και για να αποδείξει τον εθναρχικό της ρόλο.[18] Η εκκλησία διεκδικεί πολιτικό ρόλο, έτσι η προσφυγή στην ιστορία για την επίτευξη του στόχου είναι απαραίτητη. Μοναχοί γράφουν την ιστορία των μοναστηριών τους και παπάδες την ιστορία του χωριού τους, τα κείμενα αυτά πωλούνται ή μοιράζονται στους επισκέπτες και αποτελούν προϊόντα αυτού που ονομάζουμε δημόσια ιστορία. Κατά τη περίοδο της οθωμανικής κυριαρχίας, επιδιώκει να προβάλει την  σπουδαία συμβολή της στη διατήρηση της εθνικής μνήμης και συνείδησης καθώς και της γλώσσας. ΄Ετσι προβάλλουν την ύπαρξη του κρυφού σχολειού για να αποδείξουν αυτά γιατί η αμφισβήτηση της ύπαρξης του θέτει ταυτόχρονα σε αμφισβήτηση  τον πολλαπλό ρόλο που διεκδικεί η εκκλησία. [19]

Στο Μεσοπόλεμο είχε γίνει μεγάλη συζήτηση μεταξύ κράτους και εκκλησίας για τη δήμευση γαιών. Η εκκλησία επικαλείτο το σπουδαίο ρόλο που διαδραμάτισαν οι παπάδες σ΄αυτούς τους χώρους και γι΄αυτό δε θα έπρεπε να δημευτούν. Άρα υπάρχουν και υλικά συμφέροντα. Η εκκλησία προβάλλει ότι η ελληνικότητα στηρίζεται στην ορθοδοξία. Θεωρούν το κρυφό σχολειό λαϊκό και το προβάλλουν πέρα από την τουρκική και στην ντόπια φεουδαρχική σκλαβιά .[20]