Τουκοκρατία

Τελικά η Σπιναλόγκα παραδόθηκε στους Οθωμανούς Τούρκους με συνθήκη το 1715 επί Καπουδάν πασά. Μέχρι την παράδοσή της η Σπιναλόγκα αποτελούσε καταφύγιο χριστιανών που συνέρρεαν σε αυτό για να σωθούν.

Οι Τούρκοι εισέβαλλαν στην Κρήτη το 1645 και κατέκτησαν το μεγαλύτερο μέρος της σε 2-3 χρόνια. Το Ηράκλειο (Χάνδακας) αντιστάθηκε για 21 χρόνια και καταλήφθηκε το 1669. Η Σπιναλόγκα παραδόθηκε 60 χρόνια μετά την εισβολή των Τούρκων, γεγονός που δείχνει πόσο καλά σχεδιασμένη ήταν η άμυνα του νησιού από τους Ενετούς.

Στην τουρκοκρατία ξεκινά μια καινούρια εποχή για την ιστορία της νησίδας. Πάλι λόγω της ασφάλειας που παρείχαν οι οχυρώσεις στη νησίδα, εγκαθίστανται εδώ αμιγώς οθωμανικές οικογένειες.

Στα μέσα του 19ου μ.Χ. μεγάλος αριθμός κατοίκων, οι περισσότεροι έμποροι και ναυτικοί, χρησιμοποιούσαν την ασφάλεια του οχυρωμένου οικισμού και έλεγχαν τους εμπορικούς δρόμους της Αν. Μεσογείου.