Μετά την
καταστροφή του ανακτόρου του Νέστορος ο Άνω Εγκλιανός εγκαταλείπεται
και το Κορυφάσιο, ο λόφος στα βόρεια του κόλπου του Ναβαρίνου,
γίνεται το κέντρο των δραστηριοτήτων της περιοχής με τη νέα πόλη της
Πύλου. H Πύλος και ολόκληρη η περιοχή θα περάσει στα χέρια των
Λακεδαιμονίων κατά τη διάρκεια των τριών Μεσσηνιακών πολέμων.
Αργότερα, το 425 π.Χ., στα χρόνια του Πελοποννησιακού πολέμου οι
Αθηναίοι, περιπλέοντας την Πελοπόννησο, καθώς κατευθύνονταν προς τη
Σικελία, αναγκάστηκαν ύστερα από τρικυμία να σταματήσουν στην Πύλο.
Τότε, στρατηγός Δημοσθένης αντιλήφθηκε τα γεωπολιτική σημασία της
και έπεισε τους Αθηναίους να οχυρώσουν με τείχος το Κορυφάσιο, στο
οποίο βρισκόταν η Πύλος. Έτσι δημιουργήθηκε ναυτική βάση στην
επικράτεια των Λακεδαιμονίων όπου θα μπορούσαν οι Αθηναίοι, μαζί με
τους Μεσσήνιους, να παρενοχλούν τους αιώνιους αντιπάλους τους. Ο
Δημοσθένης, αφού μέσα σε έξι ημέρες όρθωσε οχυρώσεις στο Κορυφάσιο,
έμεινε στην Πύλο με πέντε πλοία και έστειλε δυο πλοία στην Αθήνα,
για να ζητήσει ενισχύσεις, ενώ ο υπόλοιπος στόλος αναχώρησε για τη
Σικελία. Οι Λακεδαιμόνιοι, θορυβημένοι, διέταξαν το στρατό τους, που
υπό το βασιλιά Αγη είχε εισβάλει και κατέστρεφε την Αττική, να
εγκαταλείψει κάθε δραστηριότητα και να μεταβεί στην Πύλο.
Μετά την ήττα των Λακεδαιμονίων στη Σφακτηρία οι Αθηναίοι άφησαν
στην Πύλο μόνιμη φρουρά, η οποία ενισχύθηκε από Μεσσήνιους και έτσι
το οχυρό του Δημοσθένη έγινε ισχυρή στρατιωτική βάση. Με την ειρήνη
του Νικία, το 421 π.Χ., οι Αθηναίοι απελευθέρωσαν τους
Λακεδαιμόνιους αιχμάλωτους της Σφακτηρίας, διατηρώντας όμως την
οχυρωμένη βάση τους στην Πύλο. Όταν ο πόλεμος ξανάρχισε, οι
Λακεδαιμόνιοι μπόρεσαν να εκπορθήσουν το οχυρό των Αθηναίων και να
καταλάβουν την τοποθεσία το 409 π.Χ. Η Πύλος ερημώθηκε και πάλι.
Το 369 π.Χ., μετά τις νίκες του Επαμεινώνδα εναντίον των Σπαρτιατών,
που είχαν ως αποτέλεσμα την απελευθέρωση όλων των Mεσσηνίων ειλώτων
και την ίδρυση της Μεσσήνης, η Πύλος ξαναβρήκε τη θέση της ως
μεσσηνιακό επίνειο. Ωστόσο, η έλλειψη μιας ισχυρής τοπικής
μεσσηνιακής προσωπικότητας, καθώς και η μακροχρόνια κατοχή της
Μεσσηνίας από τους Λακεδαιμονίους, οι οποίοι δεν είχαν ενδιαφερθεί
ιδιαίτερα για ναυτικές δραστηριότητες, είχαν ως αποτέλεσμα να
μείνουν σχετικά αναξιοποίητες οι σημαντικές δυνατότητες που
προσέφεραν οι παραθαλάσσιες στρατηγικές θέσεις της Μεθώνης, της
Κορώνης και ιδιαίτερα της Πύλου.
